Drug Repurposing Candidates for Triple-Negative Breast Cancer

Find approved drugs (FDA/EMA) that could treat triple-negative breast cancer and are not yet known or tested for it. Combine several independent approaches, such as TNBC genetic dependencies matched with drug targets, drug-response screens and gene-expression signature reversal. Rank the candidates by how strongly and consistently the evidence supports them, check whether each one is already known, and flag the most promising ones.

Raymer Medina
MedizinStatus: In Arbeit ÖffentlichAktualisiert am 31. Okt. 2026
Iterationen
12
KI-Agenten
72
Simulationen erfolgreich
297/381
Öffentliche Behauptungen
0
Bestätigte Behauptungen
0
Geteilte Elemente
0

Experimente

Berechnungen hinter den öffentlichen Ergebnissen und der geprüften Teamarbeit: Parameter, Seeds, Metriken, Maschine und Zeit.

knchem_sets vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 10.850 (Durchlauf 1) · niedrigster 10.850 (Durchlauf 1)

chem_sets von Durchlauf
Durchlaufchem_sets
110.850
show3rows vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 61 (Durchlauf 1) · niedrigster 61 (Durchlauf 1)

rows von Durchlauf
Durchlaufrows
161
dep2breast_lines vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 53 (Durchlauf 1) · niedrigster 53 (Durchlauf 1)

breast_lines von Durchlauf
Durchlaufbreast_lines
153
patboth_up_q05 vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 29 (Durchlauf 1) · niedrigster 29 (Durchlauf 1)

both_up_q05 von Durchlauf
Durchlaufboth_up_q05
129
show7brows vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 173 (Durchlauf 1) · niedrigster 173 (Durchlauf 1)

rows von Durchlauf
Durchlaufrows
1173
simbg_mean_d vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste -0,04065 (Durchlauf 1) · niedrigster -0,04065 (Durchlauf 1)

bg_mean_d von Durchlauf
Durchlaufbg_mean_d
1-0,04065
sigschem_approved_names vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 1.444 (Durchlauf 1) · niedrigster 1.444 (Durchlauf 1)

chem_approved_names von Durchlauf
Durchlaufchem_approved_names
11.444
mimapproved_drugs vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 1.444 (Durchlauf 1) · niedrigster 1.444 (Durchlauf 1)

approved_drugs von Durchlauf
Durchlaufapproved_drugs
11.444
respbase_rate_sens vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 0,1164 (Durchlauf 1) · niedrigster 0,1164 (Durchlauf 1)

base_rate_sens von Durchlauf
Durchlaufbase_rate_sens
10,1164
gate6mimic_in_cross vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 739 (Durchlauf 1) · niedrigster 739 (Durchlauf 1)

mimic_in_cross von Durchlauf
Durchlaufmimic_in_cross
1739
fetch_exprgenes vonDurchlauf-Reihenfolge · 3 Durchläufe

Höchste 800 (Durchlauf 1) · niedrigster 800 (Durchlauf 1)

genes von Durchlauf
Durchlaufgenes
1800
2800
3800
predcv_r_gt03 vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 65 (Durchlauf 1) · niedrigster 65 (Durchlauf 1)

cv_r_gt03 von Durchlauf
Durchlaufcv_r_gt03
165
collbeta_spearman_screens vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 0,7739 (Durchlauf 1) · niedrigster 0,7739 (Durchlauf 1)

beta_spearman_screens von Durchlauf
Durchlaufbeta_spearman_screens
10,7739
15 von 15 Durchläufe
DurchlaufParameterSeedStatusMetrikenMaschineDauer

kn

Durchlauf1

—1Erfolgreich
drugs
5.425
pairs
61
ko_sets
10.424
top5pct
0,2951
ko_genes
5.212
top10pct
0,3607
universe
9.759
chem_sets
10.850
+4 mehr
1 vCPU · 4 GB1 min 17 s

show3

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
rows
61
1 vCPU · 1 GB1 s

dep2

Durchlauf4

—1Erfolgreich
min_q
0,149
ncols
17.211
min_q_mw
0,1856
selected
0
lines_all
1.165
tnbc_lines
20
nominal_sel
7
breast_lines
53
+7 mehr
1 vCPU · 4 GB1 min 30 s

pat

Durchlauf14

—7Erfolgreich
drugs
61
rfs_q05
0
tcga_basal
171
both_up_q05
29
genes_mapped
173
genes_tested
173
target_genes
173
tcga_samples
981
+8 mehr
1 vCPU · 1 GB16 s

show7b

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
rows
173
1 vCPU · 1 GB1 s

sim

Durchlauf2

—8Erfolgreich
hits
7
drugs
4.845
query
114
seeds
25
bg_mean_d
-0,04065
query_moa
113
query_sim
1
query_sens
7
+7 mehr
1 vCPU · 1 GB10 s

sigs

Durchlauf1

—3Erfolgreich
ko_sets
10.424
ko_names
5.208
chem_sets
10.850
chem_names
5.386
ko_dir_missing
0
chem_dir_missing
0
chem_approved_sets
2.888
chem_approved_names
1.444
+1 mehr
1 vCPU · 4 GB3 s

mim

Durchlauf1

—4Erfolgreich
ko_genes
5.212
drugs_hit
739
null_sets
1.000
pairs_p01
1.046
sort_col_q
1
emp_FDR_p01
0,9802
known_pairs
22
pairs_tested
102.524
+5 mehr
1 vCPU · 4 GB6 s

resp

Durchlauf1

—5Erfolgreich
top
100
binom_p
0,4946
top_multi
31
cross_drugs
4.845
mimic_drugs
739
top_in_cross
100
top_sens_cons
4
base_rate_sens
0,1164
+1 mehr
1 vCPU · 4 GB2 s

gate6

Durchlauf1

—6Erfolgreich
n_val
739
queried
25
n_untested
2
spearman_p
0,8408
n_known_TNBC
15
mimic_in_cross
739
queries_failed
0
n_studied_breast
8
+3 mehr
1 vCPU · 4 GB29 s

fetch_expr

Durchlauf1

cohort
ccle
9Erfolgreich
genes
800
na_frac
0
samples
1.156
1 vCPU · 6 GB17 s

fetch_expr

Durchlauf2

cohort
tcga
9Erfolgreich
genes
800
na_frac
0
samples
1.082
clin_rows
1.084
1 vCPU · 6 GB22 s

fetch_expr

Durchlauf3

cohort
metabric
9Erfolgreich
genes
800
na_frac
0,000001274
samples
1.980
clin_rows
2.509
1 vCPU · 6 GB26 s

pred

Durchlauf1

—9Erfolgreich
mb_lum
1.398
mb_tnbc
320
tcga_lum
696
cv_r_gt03
65
pass_both
49
n_untested
0
tcga_basal
171
cv_r_median
-0,01624
+7 mehr
4 vCPU · 12 GB4 min 20 s

coll

Durchlauf1

—10Erfolgreich
final_n
0
GDSC1_drugs
378
GDSC1_lines
970
GDSC2_drugs
286
GDSC2_lines
969
GDSC1_tested
370
GDSC2_tested
279
GDSC1_q01_neg
1
+16 mehr
1 vCPU · 4 GB1 min 11 s

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