New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

Raymer Medina
GenetikStatus: In Arbeit ÖffentlichAktualisiert am 2. Nov. 2026
Iterationen
1
KI-Agenten
8
Simulationen erfolgreich
75/88
Öffentliche Behauptungen
2
Bestätigte Behauptungen
0
Geteilte Elemente
0

Experimente

Berechnungen hinter den öffentlichen Ergebnissen und der geprüften Teamarbeit: Parameter, Seeds, Metriken, Maschine und Zeit.

Synthetic-lethality scan · reduceanchors vonDurchlauf-Reihenfolge · 2 Durchläufe

Höchste 684 (Durchlauf 2) · niedrigster 6 (Durchlauf 1)

anchors von Durchlauf
Durchlaufanchors
16
2684
show controlsn_controls vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 7 (Durchlauf 1) · niedrigster 7 (Durchlauf 1)

n_controls von Durchlauf
Durchlaufn_controls
17
list candidatesn_final vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 122 (Durchlauf 1) · niedrigster 122 (Durchlauf 1)

n_final von Durchlauf
Durchlaufn_final
1122
genecolsncol vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 56 (Durchlauf 1) · niedrigster 56 (Durchlauf 1)

ncol von Durchlauf
Durchlaufncol
156
anchors_v2cn_frac_lt_0.3 vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 0,001442 (Durchlauf 1) · niedrigster 0,001442 (Durchlauf 1)

cn_frac_lt_0.3 von Durchlauf
Durchlaufcn_frac_lt_0.3
10,001442
confounder auditanchors vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 674 (Durchlauf 1) · niedrigster 674 (Durchlauf 1)

anchors von Durchlauf
Durchlaufanchors
1674
expr_loss_v2anchors vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 3.003 (Durchlauf 1) · niedrigster 3.003 (Durchlauf 1)

anchors von Durchlauf
Durchlaufanchors
13.003
drug replication v3gdsc_mapped vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 241.578 (Durchlauf 1) · niedrigster 241.578 (Durchlauf 1)

gdsc_mapped von Durchlauf
Durchlaufgdsc_mapped
1241.578
sumdboth vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 1 (Durchlauf 1) · niedrigster 1 (Durchlauf 1)

both von Durchlauf
Durchlaufboth
11
novelty reviewepmc_errors vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 0 (Durchlauf 1) · niedrigster 0 (Durchlauf 1)

epmc_errors von Durchlauf
Durchlaufepmc_errors
10
rbcontrols_rows vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 9 (Durchlauf 1) · niedrigster 9 (Durchlauf 1)

controls_rows von Durchlauf
Durchlaufcontrols_rows
19
rderr_rows vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 3 (Durchlauf 2) · niedrigster 3 (Durchlauf 2)

err_rows von Durchlauf
Durchlauferr_rows
23
replication holdoutfinal_candidates vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 0 (Durchlauf 1) · niedrigster 0 (Durchlauf 1)

final_candidates von Durchlauf
Durchlauffinal_candidates
10
final mergefinal_candidates vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 12 (Durchlauf 1) · niedrigster 12 (Durchlauf 1)

final_candidates von Durchlauf
Durchlauffinal_candidates
112
rd3rows vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 12 (Durchlauf 1) · niedrigster 12 (Durchlauf 1)

rows von Durchlauf
Durchlaufrows
112
safety2common_essential vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 251 (Durchlauf 1) · niedrigster 251 (Durchlauf 1)

common_essential von Durchlauf
Durchlaufcommon_essential
1251
pk5bn vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 22 (Durchlauf 1) · niedrigster 22 (Durchlauf 1)

n von Durchlauf
Durchlaufn
122
tcga2err_rows_final vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 3 (Durchlauf 1) · niedrigster 3 (Durchlauf 1)

err_rows_final von Durchlauf
Durchlauferr_rows_final
13
stabilityboot_ci_excl0 vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 20 (Durchlauf 1) · niedrigster 20 (Durchlauf 1)

boot_ci_excl0 von Durchlauf
Durchlaufboot_ci_excl0
120
pk6n vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 22 (Durchlauf 1) · niedrigster 22 (Durchlauf 1)

n von Durchlauf
Durchlaufn
122
rnaipairs vonDurchlauf-Reihenfolge · 1 Durchlauf

Höchste 22 (Durchlauf 1) · niedrigster 22 (Durchlauf 1)

pairs von Durchlauf
Durchlaufpairs
122
23 von 23 Durchläufe
DurchlaufParameterSeedStatusMetrikenMaschineDauer

Synthetic-lethality scan · reduce

Durchlauf1

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Erfolgreich
tests
106.711
anchors
6
reports
24
controls
7
hits_kept
97
pairs_fdr
23
pairs_reused
0
anchors_reused
0
+6 mehr
1 vCPU · 4 GB2 min 12 s

show controls

Durchlauf2

—1000Erfolgreich
n_hits
97
n_final
24
n_controls
7
1 vCPU · 1 GB1 s

Synthetic-lethality scan · reduce

Durchlauf2

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Erfolgreich
tests
12.165.001
anchors
684
reports
122
controls
7
hits_kept
7.681
pairs_fdr
2.369
pairs_reused
9
anchors_reused
6
+8 mehr
1 vCPU · 6 GB3 min 58 s

list candidates

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
n_final
122
n_review
38
n_target
11
1 vCPU · 1 GB1 s

genecols

Durchlauf1

—1Erfolgreich
ncol
56
nrow
45.019
1 vCPU · 4 GB1 s

anchors_v2

Durchlauf2

del_thr
0,3
max_frac
0,3
min_lines
5
6Erfolgreich
cn_p1
0,4512
cn_p5
0,6062
del_thr
0,3
max_frac
0,3
cn_median
1,025
n_anchors
6.350
n_subtype
40
n_mutation
5.968
+11 mehr
1 vCPU · 4 GB16 min 42 s

confounder audit

Durchlauf2

nperm
200
7Erfolgreich
anchors
674
audited
7.681
hits_in
7.681
survive
1.902
flag_adj_weak
5.092
flag_neighbor
129
share_survive
0,2476
anchors_resolved
674
+3 mehr
1 vCPU · 4 GB17 min 60 s

expr_loss_v2

Durchlauf1

kit_inputs
["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]
11Erfolgreich
p_cut
0,0001
tests
55.357.302
models
1.292
n_perm
20
anchors
3.003
beta_cut
-0,2
max_frac
0,3
obs_hits
22.276
+15 mehr
4 vCPU · 12 GB23 min 4 s

drug replication v3

Durchlauf1

—1Erfolgreich
pairs_in
86
rows_gdsc
34
prism_rows
1.254.787
rows_prism
104
gdsc_mapped
241.578
tested_rows
113
novel_pairs_in
49
replicated_both
1
+2 mehr
1 vCPU · 4 GB3 min 34 s

sumd

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
both
1
rows
113
gdsc_sig
11
prism_sig
3
novel_rows
35
novel_sig_any
4
both_rows_with_both_data
25
novel_genes_with_compound
5
1 vCPU · 4 GB1 s

novelty review

Durchlauf1

—1Erfolgreich
n_known
3
n_novel
37
pairs_in
49
pairs_out
49
string_nan
0
epmc_errors
0
n_uncertain
9
1 vCPU · 4 GB1 min 37 s

rb

Durchlauf1

—2Erfolgreich
new_unique
8.371
controls_rows
9
new_n_low_ge8
5.243
new_paralog_nokit
46
1 vCPU · 4 GB2 s

rd

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
rows
49
novel_string_ge_0.4
0
1 vCPU · 4 GB1 s

replication holdout

Durchlauf3

—1Erfolgreich
ok
49
too_few
0
novel_in
37
pairs_in
49
pairs_out
49
unresolved
0
holdout_pass
26
final_candidates
0
+2 mehr
1 vCPU · 4 GB2 min 9 s

final merge

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
rows
49
holdout_pass
26
final_candidates
12
novel_holdout_pass
20
with_drug_data_among_final
1
1 vCPU · 4 GB1 s

rd3

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
rows
12
1 vCPU · 4 GB1 s

safety2

Durchlauf1

loeuf
0,35
gtex_tpm
200
1Erfolgreich
seconds
21,69
pairs_out
1.902
constrained
148
novel_pairs
22
sm_tractable
15
survivors_in
1.902
unique_genes
792
gtex_high_any
114
+10 mehr
1 vCPU · 4 GB26 s

pk5b

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
n
22
1 vCPU · 1 GB1 s

tcga2

Durchlauf1

—2Erfolgreich
rows
416
studies
32
err_rows_final
3
1 vCPU · 4 GB33 s

stability

Durchlauf3

—11Erfolgreich
models
1.361
n_boot
1.000
tier_A
2
tier_B
10
tier_C
10
pairs_in
22
pairs_out
22
boot_ci_excl0
20
1 vCPU · 4 GB39 s

rd

Durchlauf2

—1Erfolgreich
pairs
12
err_rows
3
1 vCPU · 4 GB1 s

pk6

Durchlauf1

—1000Erfolgreich
n
22
1 vCPU · 4 GB1 s

rnai

Durchlauf2

—2Erfolgreich
pairs
22
tested
2
replicated
1
rnai_genes
17.309
rnai_lines
701
sign_agree
2
1 vCPU · 4 GB28 s

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