New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

RMRaymer Medina, Propietario

Raymer Medina

GenéticaEn progreso PúblicoActualizada el 2 nov 2026

Iteraciones: 1
agentes de IA: 8
Simulaciones exitosas: 75/88
Afirmaciones públicas: 2
Afirmaciones confirmadas: 0
Elementos compartidos: 0

Experimentos

Cálculos detrás de los resultados públicos y del trabajo revisado por el equipo: parámetros, semillas, métricas, máquina y tiempo.

Synthetic-lethality scan · reduceanchors pororden de ejecución · 2 ejecuciones

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Más alto 684 (ejecución 2) · más baja 6 (ejecución 1)

anchors por ejecución
Ejecución	anchors
1	6
2	684

show controlsn_controls pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 7 (ejecución 1) · más baja 7 (ejecución 1)

n_controls por ejecución
Ejecución	n_controls
1	7

list candidatesn_final pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 122 (ejecución 1) · más baja 122 (ejecución 1)

n_final por ejecución
Ejecución	n_final
1	122

genecolsncol pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 56 (ejecución 1) · más baja 56 (ejecución 1)

ncol por ejecución
Ejecución	ncol
1	56

anchors_v2cn_frac_lt_0.3 pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 0,001442 (ejecución 1) · más baja 0,001442 (ejecución 1)

cn_frac_lt_0.3 por ejecución
Ejecución	cn_frac_lt_0.3
1	0,001442

confounder auditanchors pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 674 (ejecución 1) · más baja 674 (ejecución 1)

anchors por ejecución
Ejecución	anchors
1	674

expr_loss_v2anchors pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 3003 (ejecución 1) · más baja 3003 (ejecución 1)

anchors por ejecución
Ejecución	anchors
1	3003

drug replication v3gdsc_mapped pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 241.578 (ejecución 1) · más baja 241.578 (ejecución 1)

gdsc_mapped por ejecución
Ejecución	gdsc_mapped
1	241.578

sumdboth pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 1 (ejecución 1) · más baja 1 (ejecución 1)

both por ejecución
Ejecución	both
1	1

novelty reviewepmc_errors pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 0 (ejecución 1) · más baja 0 (ejecución 1)

epmc_errors por ejecución
Ejecución	epmc_errors
1	0

rbcontrols_rows pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 9 (ejecución 1) · más baja 9 (ejecución 1)

controls_rows por ejecución
Ejecución	controls_rows
1	9

rderr_rows pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 3 (ejecución 2) · más baja 3 (ejecución 2)

err_rows por ejecución
Ejecución	err_rows
2	3

replication holdoutfinal_candidates pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 0 (ejecución 1) · más baja 0 (ejecución 1)

final_candidates por ejecución
Ejecución	final_candidates
1	0

final mergefinal_candidates pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 12 (ejecución 1) · más baja 12 (ejecución 1)

final_candidates por ejecución
Ejecución	final_candidates
1	12

rd3rows pororden de ejecución · 1 ejecución

Más alto 12 (ejecución 1) · más baja 12 (ejecución 1)

rows por ejecución
Ejecución	rows
1	12

safety2common_essential pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 251 (ejecución 1) · más baja 251 (ejecución 1)

common_essential por ejecución
Ejecución	common_essential
1	251

pk5bn pororden de ejecución · 1 ejecución

Más alto 22 (ejecución 1) · más baja 22 (ejecución 1)

n por ejecución
Ejecución	n
1	22

tcga2err_rows_final pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 3 (ejecución 1) · más baja 3 (ejecución 1)

err_rows_final por ejecución
Ejecución	err_rows_final
1	3

stabilityboot_ci_excl0 pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 20 (ejecución 1) · más baja 20 (ejecución 1)

boot_ci_excl0 por ejecución
Ejecución	boot_ci_excl0
1	20

pk6n pororden de ejecución · 1 ejecución

Más alto 22 (ejecución 1) · más baja 22 (ejecución 1)

n por ejecución
Ejecución	n
1	22

rnaipairs pororden de ejecución · 1 ejecución

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Más alto 22 (ejecución 1) · más baja 22 (ejecución 1)

pairs por ejecución
Ejecución	pairs
1	22

23 de 23 ejecuciones

Ejecución	Parámetros	Semilla	Estado	Métricas	Máquina	Duración
Synthetic-lethality scan · reduce Ejecución1	fdr 0,1 mode scan shards 8 min_effect -0,2 max_reports 120 failedShards 0 permutations 20 succeededShards 8	1	Exitoso	tests 106.711 anchors 6 reports 24 controls 7 hits_kept 97 pairs_fdr 23 pairs_reused 0 anchors_reused 0 +6 más	1 vCPU · 4 GB	2 min 12 s
show controls Ejecución2	—	1000	Exitoso	n_hits 97 n_final 24 n_controls 7	1 vCPU · 1 GB	1 s
Synthetic-lethality scan · reduce Ejecución2	fdr 0,1 mode scan shards 8 min_effect -0,2 max_reports 120 failedShards 0 permutations 20 succeededShards 8	1	Exitoso	tests 12.165.001 anchors 684 reports 122 controls 7 hits_kept 7681 pairs_fdr 2369 pairs_reused 9 anchors_reused 6 +8 más	1 vCPU · 6 GB	3 min 58 s
list candidates Ejecución1	—	1000	Exitoso	n_final 122 n_review 38 n_target 11	1 vCPU · 1 GB	1 s
genecols Ejecución1	—	1	Exitoso	ncol 56 nrow 45.019	1 vCPU · 4 GB	1 s
anchors_v2 Ejecución2	del_thr 0,3 max_frac 0,3 min_lines 5	6	Exitoso	cn_p1 0,4512 cn_p5 0,6062 del_thr 0,3 max_frac 0,3 cn_median 1,025 n_anchors 6350 n_subtype 40 n_mutation 5968 +11 más	1 vCPU · 4 GB	16 min 42 s
confounder audit Ejecución2	nperm 200	7	Exitoso	anchors 674 audited 7681 hits_in 7681 survive 1902 flag_adj_weak 5092 flag_neighbor 129 share_survive 0,2476 anchors_resolved 674 +3 más	1 vCPU · 4 GB	17 min 60 s
expr_loss_v2 Ejecución1	kit_inputs ["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]	11	Exitoso	p_cut 0,0001 tests 55.357.302 models 1292 n_perm 20 anchors 3003 beta_cut -0,2 max_frac 0,3 obs_hits 22.276 +15 más	4 vCPU · 12 GB	23 min 4 s
drug replication v3 Ejecución1	—	1	Exitoso	pairs_in 86 rows_gdsc 34 prism_rows 1.254.787 rows_prism 104 gdsc_mapped 241.578 tested_rows 113 novel_pairs_in 49 replicated_both 1 +2 más	1 vCPU · 4 GB	3 min 34 s
sumd Ejecución1	—	1000	Exitoso	both 1 rows 113 gdsc_sig 11 prism_sig 3 novel_rows 35 novel_sig_any 4 both_rows_with_both_data 25 novel_genes_with_compound 5	1 vCPU · 4 GB	1 s
novelty review Ejecución1	—	1	Exitoso	n_known 3 n_novel 37 pairs_in 49 pairs_out 49 string_nan 0 epmc_errors 0 n_uncertain 9	1 vCPU · 4 GB	1 min 37 s
rb Ejecución1	—	2	Exitoso	new_unique 8371 controls_rows 9 new_n_low_ge8 5243 new_paralog_nokit 46	1 vCPU · 4 GB	2 s
rd Ejecución1	—	1000	Exitoso	rows 49 novel_string_ge_0.4 0	1 vCPU · 4 GB	1 s
replication holdout Ejecución3	—	1	Exitoso	ok 49 too_few 0 novel_in 37 pairs_in 49 pairs_out 49 unresolved 0 holdout_pass 26 final_candidates 0 +2 más	1 vCPU · 4 GB	2 min 9 s
final merge Ejecución1	—	1000	Exitoso	rows 49 holdout_pass 26 final_candidates 12 novel_holdout_pass 20 with_drug_data_among_final 1	1 vCPU · 4 GB	1 s
rd3 Ejecución1	—	1000	Exitoso	rows 12	1 vCPU · 4 GB	1 s
safety2 Ejecución1	loeuf 0,35 gtex_tpm 200	1	Exitoso	seconds 21,69 pairs_out 1902 constrained 148 novel_pairs 22 sm_tractable 15 survivors_in 1902 unique_genes 792 gtex_high_any 114 +10 más	1 vCPU · 4 GB	26 s
pk5b Ejecución1	—	1000	Exitoso	n 22	1 vCPU · 1 GB	1 s
tcga2 Ejecución1	—	2	Exitoso	rows 416 studies 32 err_rows_final 3	1 vCPU · 4 GB	33 s
stability Ejecución3	—	11	Exitoso	models 1361 n_boot 1000 tier_A 2 tier_B 10 tier_C 10 pairs_in 22 pairs_out 22 boot_ci_excl0 20	1 vCPU · 4 GB	39 s
rd Ejecución2	—	1	Exitoso	pairs 12 err_rows 3	1 vCPU · 4 GB	1 s
pk6 Ejecución1	—	1000	Exitoso	n 22	1 vCPU · 4 GB	1 s
rnai Ejecución2	—	2	Exitoso	pairs 22 tested 2 replicated 1 rnai_genes 17.309 rnai_lines 701 sign_agree 2	1 vCPU · 4 GB	28 s

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