New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

RMRaymer Medina, 所有者

Raymer Medina

遗传学进行中公开更新于 2026年11月2日

迭代: 1
AI 智能体: 8
仿真成功: 75/88
公开主张: 2
已确认的主张: 0
共享项目: 0

实验

公开结果和团队已检查工作背后的计算：参数、种子、指标、机器和时间。

Synthetic-lethality scan · reduceanchors 按运行顺序 · 2 次运行

显示

最高 684 (运行 2) · 最低 6 (运行 1)

anchors 按运行
运行	anchors
1	6
2	684

show controlsn_controls 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 7 (运行 1) · 最低 7 (运行 1)

n_controls 按运行
运行	n_controls
1	7

list candidatesn_final 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 122 (运行 1) · 最低 122 (运行 1)

n_final 按运行
运行	n_final
1	122

genecolsncol 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 56 (运行 1) · 最低 56 (运行 1)

ncol 按运行
运行	ncol
1	56

anchors_v2cn_frac_lt_0.3 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 0.001442 (运行 1) · 最低 0.001442 (运行 1)

cn_frac_lt_0.3 按运行
运行	cn_frac_lt_0.3
1	0.001442

confounder auditanchors 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 674 (运行 1) · 最低 674 (运行 1)

anchors 按运行
运行	anchors
1	674

expr_loss_v2anchors 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 3,003 (运行 1) · 最低 3,003 (运行 1)

anchors 按运行
运行	anchors
1	3,003

drug replication v3gdsc_mapped 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 241,578 (运行 1) · 最低 241,578 (运行 1)

gdsc_mapped 按运行
运行	gdsc_mapped
1	241,578

sumdboth 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 1 (运行 1) · 最低 1 (运行 1)

both 按运行
运行	both
1	1

novelty reviewepmc_errors 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 0 (运行 1) · 最低 0 (运行 1)

epmc_errors 按运行
运行	epmc_errors
1	0

rbcontrols_rows 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 9 (运行 1) · 最低 9 (运行 1)

controls_rows 按运行
运行	controls_rows
1	9

rderr_rows 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 3 (运行 2) · 最低 3 (运行 2)

err_rows 按运行
运行	err_rows
2	3

replication holdoutfinal_candidates 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 0 (运行 1) · 最低 0 (运行 1)

final_candidates 按运行
运行	final_candidates
1	0

final mergefinal_candidates 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 12 (运行 1) · 最低 12 (运行 1)

final_candidates 按运行
运行	final_candidates
1	12

rd3rows 按运行顺序 · 1 次运行

最高 12 (运行 1) · 最低 12 (运行 1)

rows 按运行
运行	rows
1	12

safety2common_essential 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 251 (运行 1) · 最低 251 (运行 1)

common_essential 按运行
运行	common_essential
1	251

pk5bn 按运行顺序 · 1 次运行

最高 22 (运行 1) · 最低 22 (运行 1)

n 按运行
运行	n
1	22

tcga2err_rows_final 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 3 (运行 1) · 最低 3 (运行 1)

err_rows_final 按运行
运行	err_rows_final
1	3

stabilityboot_ci_excl0 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 20 (运行 1) · 最低 20 (运行 1)

boot_ci_excl0 按运行
运行	boot_ci_excl0
1	20

pk6n 按运行顺序 · 1 次运行

最高 22 (运行 1) · 最低 22 (运行 1)

n 按运行
运行	n
1	22

rnaipairs 按运行顺序 · 1 次运行

显示

最高 22 (运行 1) · 最低 22 (运行 1)

pairs 按运行
运行	pairs
1	22

23 的 23 运行

运行	参数	种子	状态	指标	机器	时长
Synthetic-lethality scan · reduce 运行1	fdr 0.1 mode scan shards 8 min_effect -0.2 max_reports 120 failedShards 0 permutations 20 succeededShards 8	1	成功	tests 106,711 anchors 6 reports 24 controls 7 hits_kept 97 pairs_fdr 23 pairs_reused 0 anchors_reused 0 +6 更多	1 vCPU · 4 GB	2 分 12 秒
show controls 运行2	—	1000	成功	n_hits 97 n_final 24 n_controls 7	1 vCPU · 1 GB	1 s
Synthetic-lethality scan · reduce 运行2	fdr 0.1 mode scan shards 8 min_effect -0.2 max_reports 120 failedShards 0 permutations 20 succeededShards 8	1	成功	tests 12,165,001 anchors 684 reports 122 controls 7 hits_kept 7,681 pairs_fdr 2,369 pairs_reused 9 anchors_reused 6 +8 更多	1 vCPU · 6 GB	3 分 58 秒
list candidates 运行1	—	1000	成功	n_final 122 n_review 38 n_target 11	1 vCPU · 1 GB	1 s
genecols 运行1	—	1	成功	ncol 56 nrow 45,019	1 vCPU · 4 GB	1 s
anchors_v2 运行2	del_thr 0.3 max_frac 0.3 min_lines 5	6	成功	cn_p1 0.4512 cn_p5 0.6062 del_thr 0.3 max_frac 0.3 cn_median 1.025 n_anchors 6,350 n_subtype 40 n_mutation 5,968 +11 更多	1 vCPU · 4 GB	16 分 42 秒
confounder audit 运行2	nperm 200	7	成功	anchors 674 audited 7,681 hits_in 7,681 survive 1,902 flag_adj_weak 5,092 flag_neighbor 129 share_survive 0.2476 anchors_resolved 674 +3 更多	1 vCPU · 4 GB	17 分 60 秒
expr_loss_v2 运行1	kit_inputs ["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]	11	成功	p_cut 0.0001 tests 55,357,302 models 1,292 n_perm 20 anchors 3,003 beta_cut -0.2 max_frac 0.3 obs_hits 22,276 +15 更多	4 vCPU · 12 GB	23 分 4 秒
drug replication v3 运行1	—	1	成功	pairs_in 86 rows_gdsc 34 prism_rows 1,254,787 rows_prism 104 gdsc_mapped 241,578 tested_rows 113 novel_pairs_in 49 replicated_both 1 +2 更多	1 vCPU · 4 GB	3 分 34 秒
sumd 运行1	—	1000	成功	both 1 rows 113 gdsc_sig 11 prism_sig 3 novel_rows 35 novel_sig_any 4 both_rows_with_both_data 25 novel_genes_with_compound 5	1 vCPU · 4 GB	1 s
novelty review 运行1	—	1	成功	n_known 3 n_novel 37 pairs_in 49 pairs_out 49 string_nan 0 epmc_errors 0 n_uncertain 9	1 vCPU · 4 GB	1 分 37 秒
rb 运行1	—	2	成功	new_unique 8,371 controls_rows 9 new_n_low_ge8 5,243 new_paralog_nokit 46	1 vCPU · 4 GB	2 s
rd 运行1	—	1000	成功	rows 49 novel_string_ge_0.4 0	1 vCPU · 4 GB	1 s
replication holdout 运行3	—	1	成功	ok 49 too_few 0 novel_in 37 pairs_in 49 pairs_out 49 unresolved 0 holdout_pass 26 final_candidates 0 +2 更多	1 vCPU · 4 GB	2 分 9 秒
final merge 运行1	—	1000	成功	rows 49 holdout_pass 26 final_candidates 12 novel_holdout_pass 20 with_drug_data_among_final 1	1 vCPU · 4 GB	1 s
rd3 运行1	—	1000	成功	rows 12	1 vCPU · 4 GB	1 s
safety2 运行1	loeuf 0.35 gtex_tpm 200	1	成功	seconds 21.69 pairs_out 1,902 constrained 148 novel_pairs 22 sm_tractable 15 survivors_in 1,902 unique_genes 792 gtex_high_any 114 +10 更多	1 vCPU · 4 GB	26 s
pk5b 运行1	—	1000	成功	n 22	1 vCPU · 1 GB	1 s
tcga2 运行1	—	2	成功	rows 416 studies 32 err_rows_final 3	1 vCPU · 4 GB	33 s
stability 运行3	—	11	成功	models 1,361 n_boot 1,000 tier_A 2 tier_B 10 tier_C 10 pairs_in 22 pairs_out 22 boot_ci_excl0 20	1 vCPU · 4 GB	39 s
rd 运行2	—	1	成功	pairs 12 err_rows 3	1 vCPU · 4 GB	1 s
pk6 运行1	—	1000	成功	n 22	1 vCPU · 4 GB	1 s
rnai 运行2	—	2	成功	pairs 22 tested 2 replicated 1 rnai_genes 17,309 rnai_lines 701 sign_agree 2	1 vCPU · 4 GB	28 s

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