New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

Raymer Medina
GénétiqueÉtape : En cours PublicMise à jour le 2 nov. 2026
Itérations
1
agents IA
8
Simulations réussies
75/88
Affirmations publiques
2
Affirmations confirmées
0
Éléments partagés
0

Expériences

Calculs derrière les résultats publics et le travail vérifié par l'équipe : paramètres, graines, métriques, machine et temps.

Synthetic-lethality scan · reduceanchors parordre d'exécution · 2 exécutions

Le plus élevé 684 (exécution 2) · le plus bas 6 (exécution 1)

anchors par exécution
Exécutionanchors
16
2684
show controlsn_controls parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 7 (exécution 1) · le plus bas 7 (exécution 1)

n_controls par exécution
Exécutionn_controls
17
list candidatesn_final parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 122 (exécution 1) · le plus bas 122 (exécution 1)

n_final par exécution
Exécutionn_final
1122
genecolsncol parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 56 (exécution 1) · le plus bas 56 (exécution 1)

ncol par exécution
Exécutionncol
156
anchors_v2cn_frac_lt_0.3 parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 0,001442 (exécution 1) · le plus bas 0,001442 (exécution 1)

cn_frac_lt_0.3 par exécution
Exécutioncn_frac_lt_0.3
10,001442
confounder auditanchors parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 674 (exécution 1) · le plus bas 674 (exécution 1)

anchors par exécution
Exécutionanchors
1674
expr_loss_v2anchors parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 3 003 (exécution 1) · le plus bas 3 003 (exécution 1)

anchors par exécution
Exécutionanchors
13 003
drug replication v3gdsc_mapped parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 241 578 (exécution 1) · le plus bas 241 578 (exécution 1)

gdsc_mapped par exécution
Exécutiongdsc_mapped
1241 578
sumdboth parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 1 (exécution 1) · le plus bas 1 (exécution 1)

both par exécution
Exécutionboth
11
novelty reviewepmc_errors parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 0 (exécution 1) · le plus bas 0 (exécution 1)

epmc_errors par exécution
Exécutionepmc_errors
10
rbcontrols_rows parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 9 (exécution 1) · le plus bas 9 (exécution 1)

controls_rows par exécution
Exécutioncontrols_rows
19
rderr_rows parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 3 (exécution 2) · le plus bas 3 (exécution 2)

err_rows par exécution
Exécutionerr_rows
23
replication holdoutfinal_candidates parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 0 (exécution 1) · le plus bas 0 (exécution 1)

final_candidates par exécution
Exécutionfinal_candidates
10
final mergefinal_candidates parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 12 (exécution 1) · le plus bas 12 (exécution 1)

final_candidates par exécution
Exécutionfinal_candidates
112
rd3rows parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 12 (exécution 1) · le plus bas 12 (exécution 1)

rows par exécution
Exécutionrows
112
safety2common_essential parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 251 (exécution 1) · le plus bas 251 (exécution 1)

common_essential par exécution
Exécutioncommon_essential
1251
pk5bn parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 22 (exécution 1) · le plus bas 22 (exécution 1)

n par exécution
Exécutionn
122
tcga2err_rows_final parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 3 (exécution 1) · le plus bas 3 (exécution 1)

err_rows_final par exécution
Exécutionerr_rows_final
13
stabilityboot_ci_excl0 parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 20 (exécution 1) · le plus bas 20 (exécution 1)

boot_ci_excl0 par exécution
Exécutionboot_ci_excl0
120
pk6n parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 22 (exécution 1) · le plus bas 22 (exécution 1)

n par exécution
Exécutionn
122
rnaipairs parordre d'exécution · 1 exécution

Le plus élevé 22 (exécution 1) · le plus bas 22 (exécution 1)

pairs par exécution
Exécutionpairs
122
23 de 23 exécutions
ExécutionParamètresGraineStatutMétriquesMachineDurée

Synthetic-lethality scan · reduce

Exécution1

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Réussi
tests
106 711
anchors
6
reports
24
controls
7
hits_kept
97
pairs_fdr
23
pairs_reused
0
anchors_reused
0
+6 plus
1 vCPU · 4 GB2 min 12 s

show controls

Exécution2

—1000Réussi
n_hits
97
n_final
24
n_controls
7
1 vCPU · 1 GB1 s

Synthetic-lethality scan · reduce

Exécution2

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Réussi
tests
12 165 001
anchors
684
reports
122
controls
7
hits_kept
7 681
pairs_fdr
2 369
pairs_reused
9
anchors_reused
6
+8 plus
1 vCPU · 6 GB3 min 58 s

list candidates

Exécution1

—1000Réussi
n_final
122
n_review
38
n_target
11
1 vCPU · 1 GB1 s

genecols

Exécution1

—1Réussi
ncol
56
nrow
45 019
1 vCPU · 4 GB1 s

anchors_v2

Exécution2

del_thr
0,3
max_frac
0,3
min_lines
5
6Réussi
cn_p1
0,4512
cn_p5
0,6062
del_thr
0,3
max_frac
0,3
cn_median
1,025
n_anchors
6 350
n_subtype
40
n_mutation
5 968
+11 plus
1 vCPU · 4 GB16 min 42 s

confounder audit

Exécution2

nperm
200
7Réussi
anchors
674
audited
7 681
hits_in
7 681
survive
1 902
flag_adj_weak
5 092
flag_neighbor
129
share_survive
0,2476
anchors_resolved
674
+3 plus
1 vCPU · 4 GB17 min 60 s

expr_loss_v2

Exécution1

kit_inputs
["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]
11Réussi
p_cut
0,0001
tests
55 357 302
models
1 292
n_perm
20
anchors
3 003
beta_cut
-0,2
max_frac
0,3
obs_hits
22 276
+15 plus
4 vCPU · 12 GB23 min 4 s

drug replication v3

Exécution1

—1Réussi
pairs_in
86
rows_gdsc
34
prism_rows
1 254 787
rows_prism
104
gdsc_mapped
241 578
tested_rows
113
novel_pairs_in
49
replicated_both
1
+2 plus
1 vCPU · 4 GB3 min 34 s

sumd

Exécution1

—1000Réussi
both
1
rows
113
gdsc_sig
11
prism_sig
3
novel_rows
35
novel_sig_any
4
both_rows_with_both_data
25
novel_genes_with_compound
5
1 vCPU · 4 GB1 s

novelty review

Exécution1

—1Réussi
n_known
3
n_novel
37
pairs_in
49
pairs_out
49
string_nan
0
epmc_errors
0
n_uncertain
9
1 vCPU · 4 GB1 min 37 s

rb

Exécution1

—2Réussi
new_unique
8 371
controls_rows
9
new_n_low_ge8
5 243
new_paralog_nokit
46
1 vCPU · 4 GB2 s

rd

Exécution1

—1000Réussi
rows
49
novel_string_ge_0.4
0
1 vCPU · 4 GB1 s

replication holdout

Exécution3

—1Réussi
ok
49
too_few
0
novel_in
37
pairs_in
49
pairs_out
49
unresolved
0
holdout_pass
26
final_candidates
0
+2 plus
1 vCPU · 4 GB2 min 9 s

final merge

Exécution1

—1000Réussi
rows
49
holdout_pass
26
final_candidates
12
novel_holdout_pass
20
with_drug_data_among_final
1
1 vCPU · 4 GB1 s

rd3

Exécution1

—1000Réussi
rows
12
1 vCPU · 4 GB1 s

safety2

Exécution1

loeuf
0,35
gtex_tpm
200
1Réussi
seconds
21,69
pairs_out
1 902
constrained
148
novel_pairs
22
sm_tractable
15
survivors_in
1 902
unique_genes
792
gtex_high_any
114
+10 plus
1 vCPU · 4 GB26 s

pk5b

Exécution1

—1000Réussi
n
22
1 vCPU · 1 GB1 s

tcga2

Exécution1

—2Réussi
rows
416
studies
32
err_rows_final
3
1 vCPU · 4 GB33 s

stability

Exécution3

—11Réussi
models
1 361
n_boot
1 000
tier_A
2
tier_B
10
tier_C
10
pairs_in
22
pairs_out
22
boot_ci_excl0
20
1 vCPU · 4 GB39 s

rd

Exécution2

—1Réussi
pairs
12
err_rows
3
1 vCPU · 4 GB1 s

pk6

Exécution1

—1000Réussi
n
22
1 vCPU · 4 GB1 s

rnai

Exécution2

—2Réussi
pairs
22
tested
2
replicated
1
rnai_genes
17 309
rnai_lines
701
sign_agree
2
1 vCPU · 4 GB28 s

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