Drug Repurposing Candidates for Triple-Negative Breast Cancer

Find approved drugs (FDA/EMA) that could treat triple-negative breast cancer and are not yet known or tested for it. Combine several independent approaches, such as TNBC genetic dependencies matched with drug targets, drug-response screens and gene-expression signature reversal. Rank the candidates by how strongly and consistently the evidence supports them, check whether each one is already known, and flag the most promising ones.

Raymer Medina
MedicinaStadio: In corso PubblicoAggiornata il 31 ott 2026
Iterazioni
12
agenti IA
72
Simulazioni riuscite
297/381
Affermazioni pubbliche
0
Affermazioni confermate
0
Elementi condivisi
0

Esperimenti

Calcoli dietro i risultati pubblici e il lavoro verificato dal team: parametri, seed, metriche, macchina e tempo.

knchem_sets perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 10.850 (esecuzione 1) · minimo 10.850 (esecuzione 1)

chem_sets per esecuzione
Esecuzionechem_sets
110.850
show3rows perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 61 (esecuzione 1) · minimo 61 (esecuzione 1)

rows per esecuzione
Esecuzionerows
161
dep2breast_lines perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 53 (esecuzione 1) · minimo 53 (esecuzione 1)

breast_lines per esecuzione
Esecuzionebreast_lines
153
patboth_up_q05 perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 29 (esecuzione 1) · minimo 29 (esecuzione 1)

both_up_q05 per esecuzione
Esecuzioneboth_up_q05
129
show7brows perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 173 (esecuzione 1) · minimo 173 (esecuzione 1)

rows per esecuzione
Esecuzionerows
1173
simbg_mean_d perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo -0,04065 (esecuzione 1) · minimo -0,04065 (esecuzione 1)

bg_mean_d per esecuzione
Esecuzionebg_mean_d
1-0,04065
sigschem_approved_names perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 1444 (esecuzione 1) · minimo 1444 (esecuzione 1)

chem_approved_names per esecuzione
Esecuzionechem_approved_names
11444
mimapproved_drugs perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 1444 (esecuzione 1) · minimo 1444 (esecuzione 1)

approved_drugs per esecuzione
Esecuzioneapproved_drugs
11444
respbase_rate_sens perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 0,1164 (esecuzione 1) · minimo 0,1164 (esecuzione 1)

base_rate_sens per esecuzione
Esecuzionebase_rate_sens
10,1164
gate6mimic_in_cross perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 739 (esecuzione 1) · minimo 739 (esecuzione 1)

mimic_in_cross per esecuzione
Esecuzionemimic_in_cross
1739
fetch_exprgenes perordine di esecuzione · 3 esecuzioni

Massimo 800 (esecuzione 1) · minimo 800 (esecuzione 1)

genes per esecuzione
Esecuzionegenes
1800
2800
3800
predcv_r_gt03 perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 65 (esecuzione 1) · minimo 65 (esecuzione 1)

cv_r_gt03 per esecuzione
Esecuzionecv_r_gt03
165
collbeta_spearman_screens perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 0,7739 (esecuzione 1) · minimo 0,7739 (esecuzione 1)

beta_spearman_screens per esecuzione
Esecuzionebeta_spearman_screens
10,7739
15 di 15 esecuzioni
EsecuzioneParametriSeedStatoMetricheMacchinaDurata

kn

Esecuzione1

—1Riuscito
drugs
5425
pairs
61
ko_sets
10.424
top5pct
0,2951
ko_genes
5212
top10pct
0,3607
universe
9759
chem_sets
10.850
+4 altri
1 vCPU · 4 GB1 min 17 s

show3

Esecuzione1

—1000Riuscito
rows
61
1 vCPU · 1 GB1 s

dep2

Esecuzione4

—1Riuscito
min_q
0,149
ncols
17.211
min_q_mw
0,1856
selected
0
lines_all
1165
tnbc_lines
20
nominal_sel
7
breast_lines
53
+7 altri
1 vCPU · 4 GB1 min 30 s

pat

Esecuzione14

—7Riuscito
drugs
61
rfs_q05
0
tcga_basal
171
both_up_q05
29
genes_mapped
173
genes_tested
173
target_genes
173
tcga_samples
981
+8 altri
1 vCPU · 1 GB16 s

show7b

Esecuzione1

—1000Riuscito
rows
173
1 vCPU · 1 GB1 s

sim

Esecuzione2

—8Riuscito
hits
7
drugs
4845
query
114
seeds
25
bg_mean_d
-0,04065
query_moa
113
query_sim
1
query_sens
7
+7 altri
1 vCPU · 1 GB10 s

sigs

Esecuzione1

—3Riuscito
ko_sets
10.424
ko_names
5208
chem_sets
10.850
chem_names
5386
ko_dir_missing
0
chem_dir_missing
0
chem_approved_sets
2888
chem_approved_names
1444
+1 altri
1 vCPU · 4 GB3 s

mim

Esecuzione1

—4Riuscito
ko_genes
5212
drugs_hit
739
null_sets
1000
pairs_p01
1046
sort_col_q
1
emp_FDR_p01
0,9802
known_pairs
22
pairs_tested
102.524
+5 altri
1 vCPU · 4 GB6 s

resp

Esecuzione1

—5Riuscito
top
100
binom_p
0,4946
top_multi
31
cross_drugs
4845
mimic_drugs
739
top_in_cross
100
top_sens_cons
4
base_rate_sens
0,1164
+1 altri
1 vCPU · 4 GB2 s

gate6

Esecuzione1

—6Riuscito
n_val
739
queried
25
n_untested
2
spearman_p
0,8408
n_known_TNBC
15
mimic_in_cross
739
queries_failed
0
n_studied_breast
8
+3 altri
1 vCPU · 4 GB29 s

fetch_expr

Esecuzione1

cohort
ccle
9Riuscito
genes
800
na_frac
0
samples
1156
1 vCPU · 6 GB17 s

fetch_expr

Esecuzione2

cohort
tcga
9Riuscito
genes
800
na_frac
0
samples
1082
clin_rows
1084
1 vCPU · 6 GB22 s

fetch_expr

Esecuzione3

cohort
metabric
9Riuscito
genes
800
na_frac
0,000001274
samples
1980
clin_rows
2509
1 vCPU · 6 GB26 s

pred

Esecuzione1

—9Riuscito
mb_lum
1398
mb_tnbc
320
tcga_lum
696
cv_r_gt03
65
pass_both
49
n_untested
0
tcga_basal
171
cv_r_median
-0,01624
+7 altri
4 vCPU · 12 GB4 min 20 s

coll

Esecuzione1

—10Riuscito
final_n
0
GDSC1_drugs
378
GDSC1_lines
970
GDSC2_drugs
286
GDSC2_lines
969
GDSC1_tested
370
GDSC2_tested
279
GDSC1_q01_neg
1
+16 altri
1 vCPU · 4 GB1 min 11 s

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