New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

Raymer Medina
GeneticaStadio: In corso PubblicoAggiornata il 2 nov 2026
Iterazioni
1
agenti IA
8
Simulazioni riuscite
75/88
Affermazioni pubbliche
2
Affermazioni confermate
0
Elementi condivisi
0

Esperimenti

Calcoli dietro i risultati pubblici e il lavoro verificato dal team: parametri, seed, metriche, macchina e tempo.

Synthetic-lethality scan · reduceanchors perordine di esecuzione · 2 esecuzioni

Massimo 684 (esecuzione 2) · minimo 6 (esecuzione 1)

anchors per esecuzione
Esecuzioneanchors
16
2684
show controlsn_controls perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 7 (esecuzione 1) · minimo 7 (esecuzione 1)

n_controls per esecuzione
Esecuzionen_controls
17
list candidatesn_final perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 122 (esecuzione 1) · minimo 122 (esecuzione 1)

n_final per esecuzione
Esecuzionen_final
1122
genecolsncol perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 56 (esecuzione 1) · minimo 56 (esecuzione 1)

ncol per esecuzione
Esecuzionencol
156
anchors_v2cn_frac_lt_0.3 perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 0,001442 (esecuzione 1) · minimo 0,001442 (esecuzione 1)

cn_frac_lt_0.3 per esecuzione
Esecuzionecn_frac_lt_0.3
10,001442
confounder auditanchors perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 674 (esecuzione 1) · minimo 674 (esecuzione 1)

anchors per esecuzione
Esecuzioneanchors
1674
expr_loss_v2anchors perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 3003 (esecuzione 1) · minimo 3003 (esecuzione 1)

anchors per esecuzione
Esecuzioneanchors
13003
drug replication v3gdsc_mapped perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 241.578 (esecuzione 1) · minimo 241.578 (esecuzione 1)

gdsc_mapped per esecuzione
Esecuzionegdsc_mapped
1241.578
sumdboth perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 1 (esecuzione 1) · minimo 1 (esecuzione 1)

both per esecuzione
Esecuzioneboth
11
novelty reviewepmc_errors perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 0 (esecuzione 1) · minimo 0 (esecuzione 1)

epmc_errors per esecuzione
Esecuzioneepmc_errors
10
rbcontrols_rows perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 9 (esecuzione 1) · minimo 9 (esecuzione 1)

controls_rows per esecuzione
Esecuzionecontrols_rows
19
rderr_rows perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 3 (esecuzione 2) · minimo 3 (esecuzione 2)

err_rows per esecuzione
Esecuzioneerr_rows
23
replication holdoutfinal_candidates perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 0 (esecuzione 1) · minimo 0 (esecuzione 1)

final_candidates per esecuzione
Esecuzionefinal_candidates
10
final mergefinal_candidates perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 12 (esecuzione 1) · minimo 12 (esecuzione 1)

final_candidates per esecuzione
Esecuzionefinal_candidates
112
rd3rows perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 12 (esecuzione 1) · minimo 12 (esecuzione 1)

rows per esecuzione
Esecuzionerows
112
safety2common_essential perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 251 (esecuzione 1) · minimo 251 (esecuzione 1)

common_essential per esecuzione
Esecuzionecommon_essential
1251
pk5bn perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 22 (esecuzione 1) · minimo 22 (esecuzione 1)

n per esecuzione
Esecuzionen
122
tcga2err_rows_final perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 3 (esecuzione 1) · minimo 3 (esecuzione 1)

err_rows_final per esecuzione
Esecuzioneerr_rows_final
13
stabilityboot_ci_excl0 perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 20 (esecuzione 1) · minimo 20 (esecuzione 1)

boot_ci_excl0 per esecuzione
Esecuzioneboot_ci_excl0
120
pk6n perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 22 (esecuzione 1) · minimo 22 (esecuzione 1)

n per esecuzione
Esecuzionen
122
rnaipairs perordine di esecuzione · 1 esecuzione

Massimo 22 (esecuzione 1) · minimo 22 (esecuzione 1)

pairs per esecuzione
Esecuzionepairs
122
23 di 23 esecuzioni
EsecuzioneParametriSeedStatoMetricheMacchinaDurata

Synthetic-lethality scan · reduce

Esecuzione1

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Riuscito
tests
106.711
anchors
6
reports
24
controls
7
hits_kept
97
pairs_fdr
23
pairs_reused
0
anchors_reused
0
+6 altri
1 vCPU · 4 GB2 min 12 s

show controls

Esecuzione2

—1000Riuscito
n_hits
97
n_final
24
n_controls
7
1 vCPU · 1 GB1 s

Synthetic-lethality scan · reduce

Esecuzione2

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Riuscito
tests
12.165.001
anchors
684
reports
122
controls
7
hits_kept
7681
pairs_fdr
2369
pairs_reused
9
anchors_reused
6
+8 altri
1 vCPU · 6 GB3 min 58 s

list candidates

Esecuzione1

—1000Riuscito
n_final
122
n_review
38
n_target
11
1 vCPU · 1 GB1 s

genecols

Esecuzione1

—1Riuscito
ncol
56
nrow
45.019
1 vCPU · 4 GB1 s

anchors_v2

Esecuzione2

del_thr
0,3
max_frac
0,3
min_lines
5
6Riuscito
cn_p1
0,4512
cn_p5
0,6062
del_thr
0,3
max_frac
0,3
cn_median
1,025
n_anchors
6350
n_subtype
40
n_mutation
5968
+11 altri
1 vCPU · 4 GB16 min 42 s

confounder audit

Esecuzione2

nperm
200
7Riuscito
anchors
674
audited
7681
hits_in
7681
survive
1902
flag_adj_weak
5092
flag_neighbor
129
share_survive
0,2476
anchors_resolved
674
+3 altri
1 vCPU · 4 GB17 min 60 s

expr_loss_v2

Esecuzione1

kit_inputs
["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]
11Riuscito
p_cut
0,0001
tests
55.357.302
models
1292
n_perm
20
anchors
3003
beta_cut
-0,2
max_frac
0,3
obs_hits
22.276
+15 altri
4 vCPU · 12 GB23 min 4 s

drug replication v3

Esecuzione1

—1Riuscito
pairs_in
86
rows_gdsc
34
prism_rows
1.254.787
rows_prism
104
gdsc_mapped
241.578
tested_rows
113
novel_pairs_in
49
replicated_both
1
+2 altri
1 vCPU · 4 GB3 min 34 s

sumd

Esecuzione1

—1000Riuscito
both
1
rows
113
gdsc_sig
11
prism_sig
3
novel_rows
35
novel_sig_any
4
both_rows_with_both_data
25
novel_genes_with_compound
5
1 vCPU · 4 GB1 s

novelty review

Esecuzione1

—1Riuscito
n_known
3
n_novel
37
pairs_in
49
pairs_out
49
string_nan
0
epmc_errors
0
n_uncertain
9
1 vCPU · 4 GB1 min 37 s

rb

Esecuzione1

—2Riuscito
new_unique
8371
controls_rows
9
new_n_low_ge8
5243
new_paralog_nokit
46
1 vCPU · 4 GB2 s

rd

Esecuzione1

—1000Riuscito
rows
49
novel_string_ge_0.4
0
1 vCPU · 4 GB1 s

replication holdout

Esecuzione3

—1Riuscito
ok
49
too_few
0
novel_in
37
pairs_in
49
pairs_out
49
unresolved
0
holdout_pass
26
final_candidates
0
+2 altri
1 vCPU · 4 GB2 min 9 s

final merge

Esecuzione1

—1000Riuscito
rows
49
holdout_pass
26
final_candidates
12
novel_holdout_pass
20
with_drug_data_among_final
1
1 vCPU · 4 GB1 s

rd3

Esecuzione1

—1000Riuscito
rows
12
1 vCPU · 4 GB1 s

safety2

Esecuzione1

loeuf
0,35
gtex_tpm
200
1Riuscito
seconds
21,69
pairs_out
1902
constrained
148
novel_pairs
22
sm_tractable
15
survivors_in
1902
unique_genes
792
gtex_high_any
114
+10 altri
1 vCPU · 4 GB26 s

pk5b

Esecuzione1

—1000Riuscito
n
22
1 vCPU · 1 GB1 s

tcga2

Esecuzione1

—2Riuscito
rows
416
studies
32
err_rows_final
3
1 vCPU · 4 GB33 s

stability

Esecuzione3

—11Riuscito
models
1361
n_boot
1000
tier_A
2
tier_B
10
tier_C
10
pairs_in
22
pairs_out
22
boot_ci_excl0
20
1 vCPU · 4 GB39 s

rd

Esecuzione2

—1Riuscito
pairs
12
err_rows
3
1 vCPU · 4 GB1 s

pk6

Esecuzione1

—1000Riuscito
n
22
1 vCPU · 4 GB1 s

rnai

Esecuzione2

—2Riuscito
pairs
22
tested
2
replicated
1
rnai_genes
17.309
rnai_lines
701
sign_agree
2
1 vCPU · 4 GB28 s

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