New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

Raymer Medina
遺伝学ステージ: 進行中 パブリック2026年11月2日 更新
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実験

公開結果とチームが検証した作業の裏にある計算：パラメータ、シード、指標、マシン、時間。

Synthetic-lethality scan · reduceanchors による実行順序 · 2 実行

最高 684 (実行 2) · 最低 6 (実行 1)

anchors による 実行
実行anchors
16
2684
show controlsn_controls による実行順序 · 1 実行

最高 7 (実行 1) · 最低 7 (実行 1)

n_controls による 実行
実行n_controls
17
list candidatesn_final による実行順序 · 1 実行

最高 122 (実行 1) · 最低 122 (実行 1)

n_final による 実行
実行n_final
1122
genecolsncol による実行順序 · 1 実行

最高 56 (実行 1) · 最低 56 (実行 1)

ncol による 実行
実行ncol
156
anchors_v2cn_frac_lt_0.3 による実行順序 · 1 実行

最高 0.001442 (実行 1) · 最低 0.001442 (実行 1)

cn_frac_lt_0.3 による 実行
実行cn_frac_lt_0.3
10.001442
confounder auditanchors による実行順序 · 1 実行

最高 674 (実行 1) · 最低 674 (実行 1)

anchors による 実行
実行anchors
1674
expr_loss_v2anchors による実行順序 · 1 実行

最高 3,003 (実行 1) · 最低 3,003 (実行 1)

anchors による 実行
実行anchors
13,003
drug replication v3gdsc_mapped による実行順序 · 1 実行

最高 241,578 (実行 1) · 最低 241,578 (実行 1)

gdsc_mapped による 実行
実行gdsc_mapped
1241,578
sumdboth による実行順序 · 1 実行

最高 1 (実行 1) · 最低 1 (実行 1)

both による 実行
実行both
11
novelty reviewepmc_errors による実行順序 · 1 実行

最高 0 (実行 1) · 最低 0 (実行 1)

epmc_errors による 実行
実行epmc_errors
10
rbcontrols_rows による実行順序 · 1 実行

最高 9 (実行 1) · 最低 9 (実行 1)

controls_rows による 実行
実行controls_rows
19
rderr_rows による実行順序 · 1 実行

最高 3 (実行 2) · 最低 3 (実行 2)

err_rows による 実行
実行err_rows
23
replication holdoutfinal_candidates による実行順序 · 1 実行

最高 0 (実行 1) · 最低 0 (実行 1)

final_candidates による 実行
実行final_candidates
10
final mergefinal_candidates による実行順序 · 1 実行

最高 12 (実行 1) · 最低 12 (実行 1)

final_candidates による 実行
実行final_candidates
112
rd3rows による実行順序 · 1 実行

最高 12 (実行 1) · 最低 12 (実行 1)

rows による 実行
実行rows
112
safety2common_essential による実行順序 · 1 実行

最高 251 (実行 1) · 最低 251 (実行 1)

common_essential による 実行
実行common_essential
1251
pk5bn による実行順序 · 1 実行

最高 22 (実行 1) · 最低 22 (実行 1)

n による 実行
実行n
122
tcga2err_rows_final による実行順序 · 1 実行

最高 3 (実行 1) · 最低 3 (実行 1)

err_rows_final による 実行
実行err_rows_final
13
stabilityboot_ci_excl0 による実行順序 · 1 実行

最高 20 (実行 1) · 最低 20 (実行 1)

boot_ci_excl0 による 実行
実行boot_ci_excl0
120
pk6n による実行順序 · 1 実行

最高 22 (実行 1) · 最低 22 (実行 1)

n による 実行
実行n
122
rnaipairs による実行順序 · 1 実行

最高 22 (実行 1) · 最低 22 (実行 1)

pairs による 実行
実行pairs
122
23 の 23 実行
実行パラメータシードステータスメトリクスマシン期間

Synthetic-lethality scan · reduce

実行1

fdr
0.1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0.2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1成功
tests
106,711
anchors
6
reports
24
controls
7
hits_kept
97
pairs_fdr
23
pairs_reused
0
anchors_reused
0
+6 より多くの
1 vCPU · 4 GB2 分 12 秒

show controls

実行2

—1000成功
n_hits
97
n_final
24
n_controls
7
1 vCPU · 1 GB1 s

Synthetic-lethality scan · reduce

実行2

fdr
0.1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0.2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1成功
tests
12,165,001
anchors
684
reports
122
controls
7
hits_kept
7,681
pairs_fdr
2,369
pairs_reused
9
anchors_reused
6
+8 より多くの
1 vCPU · 6 GB3 分 58 秒

list candidates

実行1

—1000成功
n_final
122
n_review
38
n_target
11
1 vCPU · 1 GB1 s

genecols

実行1

—1成功
ncol
56
nrow
45,019
1 vCPU · 4 GB1 s

anchors_v2

実行2

del_thr
0.3
max_frac
0.3
min_lines
5
6成功
cn_p1
0.4512
cn_p5
0.6062
del_thr
0.3
max_frac
0.3
cn_median
1.025
n_anchors
6,350
n_subtype
40
n_mutation
5,968
+11 より多くの
1 vCPU · 4 GB16 分 42 秒

confounder audit

実行2

nperm
200
7成功
anchors
674
audited
7,681
hits_in
7,681
survive
1,902
flag_adj_weak
5,092
flag_neighbor
129
share_survive
0.2476
anchors_resolved
674
+3 より多くの
1 vCPU · 4 GB17 分 60 秒

expr_loss_v2

実行1

kit_inputs
["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]
11成功
p_cut
0.0001
tests
55,357,302
models
1,292
n_perm
20
anchors
3,003
beta_cut
-0.2
max_frac
0.3
obs_hits
22,276
+15 より多くの
4 vCPU · 12 GB23 分 4 秒

drug replication v3

実行1

—1成功
pairs_in
86
rows_gdsc
34
prism_rows
1,254,787
rows_prism
104
gdsc_mapped
241,578
tested_rows
113
novel_pairs_in
49
replicated_both
1
+2 より多くの
1 vCPU · 4 GB3 分 34 秒

sumd

実行1

—1000成功
both
1
rows
113
gdsc_sig
11
prism_sig
3
novel_rows
35
novel_sig_any
4
both_rows_with_both_data
25
novel_genes_with_compound
5
1 vCPU · 4 GB1 s

novelty review

実行1

—1成功
n_known
3
n_novel
37
pairs_in
49
pairs_out
49
string_nan
0
epmc_errors
0
n_uncertain
9
1 vCPU · 4 GB1 分 37 秒

rb

実行1

—2成功
new_unique
8,371
controls_rows
9
new_n_low_ge8
5,243
new_paralog_nokit
46
1 vCPU · 4 GB2 s

rd

実行1

—1000成功
rows
49
novel_string_ge_0.4
0
1 vCPU · 4 GB1 s

replication holdout

実行3

—1成功
ok
49
too_few
0
novel_in
37
pairs_in
49
pairs_out
49
unresolved
0
holdout_pass
26
final_candidates
0
+2 より多くの
1 vCPU · 4 GB2 分 9 秒

final merge

実行1

—1000成功
rows
49
holdout_pass
26
final_candidates
12
novel_holdout_pass
20
with_drug_data_among_final
1
1 vCPU · 4 GB1 s

rd3

実行1

—1000成功
rows
12
1 vCPU · 4 GB1 s

safety2

実行1

loeuf
0.35
gtex_tpm
200
1成功
seconds
21.69
pairs_out
1,902
constrained
148
novel_pairs
22
sm_tractable
15
survivors_in
1,902
unique_genes
792
gtex_high_any
114
+10 より多くの
1 vCPU · 4 GB26 s

pk5b

実行1

—1000成功
n
22
1 vCPU · 1 GB1 s

tcga2

実行1

—2成功
rows
416
studies
32
err_rows_final
3
1 vCPU · 4 GB33 s

stability

実行3

—11成功
models
1,361
n_boot
1,000
tier_A
2
tier_B
10
tier_C
10
pairs_in
22
pairs_out
22
boot_ci_excl0
20
1 vCPU · 4 GB39 s

rd

実行2

—1成功
pairs
12
err_rows
3
1 vCPU · 4 GB1 s

pk6

実行1

—1000成功
n
22
1 vCPU · 4 GB1 s

rnai

実行2

—2成功
pairs
22
tested
2
replicated
1
rnai_genes
17,309
rnai_lines
701
sign_agree
2
1 vCPU · 4 GB28 s

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