New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

Raymer Medina
GenéticaEstágio: Em progresso PúblicoAtualizada em 2 de nov. de 2026
Iterações
1
agentes de IA
8
Simulações bem-sucedidas
75/88
Afirmações públicas
2
Afirmações confirmadas
0
Itens compartilhados
0

Experimentos

Cálculos por trás dos resultados públicos e do trabalho revisado pela equipe: parâmetros, sementes, métricas, máquina e tempo.

Synthetic-lethality scan · reduceanchors porordem de execução · 2 execuções

Mais alto 684 (execução 2) · mais baixo 6 (execução 1)

anchors por execução
Execuçãoanchors
16
2684
show controlsn_controls porordem de execução · 1 execução

Mais alto 7 (execução 1) · mais baixo 7 (execução 1)

n_controls por execução
Execuçãon_controls
17
list candidatesn_final porordem de execução · 1 execução

Mais alto 122 (execução 1) · mais baixo 122 (execução 1)

n_final por execução
Execuçãon_final
1122
genecolsncol porordem de execução · 1 execução

Mais alto 56 (execução 1) · mais baixo 56 (execução 1)

ncol por execução
Execuçãoncol
156
anchors_v2cn_frac_lt_0.3 porordem de execução · 1 execução

Mais alto 0,001442 (execução 1) · mais baixo 0,001442 (execução 1)

cn_frac_lt_0.3 por execução
Execuçãocn_frac_lt_0.3
10,001442
confounder auditanchors porordem de execução · 1 execução

Mais alto 674 (execução 1) · mais baixo 674 (execução 1)

anchors por execução
Execuçãoanchors
1674
expr_loss_v2anchors porordem de execução · 1 execução

Mais alto 3.003 (execução 1) · mais baixo 3.003 (execução 1)

anchors por execução
Execuçãoanchors
13.003
drug replication v3gdsc_mapped porordem de execução · 1 execução

Mais alto 241.578 (execução 1) · mais baixo 241.578 (execução 1)

gdsc_mapped por execução
Execuçãogdsc_mapped
1241.578
sumdboth porordem de execução · 1 execução

Mais alto 1 (execução 1) · mais baixo 1 (execução 1)

both por execução
Execuçãoboth
11
novelty reviewepmc_errors porordem de execução · 1 execução

Mais alto 0 (execução 1) · mais baixo 0 (execução 1)

epmc_errors por execução
Execuçãoepmc_errors
10
rbcontrols_rows porordem de execução · 1 execução

Mais alto 9 (execução 1) · mais baixo 9 (execução 1)

controls_rows por execução
Execuçãocontrols_rows
19
rderr_rows porordem de execução · 1 execução

Mais alto 3 (execução 2) · mais baixo 3 (execução 2)

err_rows por execução
Execuçãoerr_rows
23
replication holdoutfinal_candidates porordem de execução · 1 execução

Mais alto 0 (execução 1) · mais baixo 0 (execução 1)

final_candidates por execução
Execuçãofinal_candidates
10
final mergefinal_candidates porordem de execução · 1 execução

Mais alto 12 (execução 1) · mais baixo 12 (execução 1)

final_candidates por execução
Execuçãofinal_candidates
112
rd3rows porordem de execução · 1 execução

Mais alto 12 (execução 1) · mais baixo 12 (execução 1)

rows por execução
Execuçãorows
112
safety2common_essential porordem de execução · 1 execução

Mais alto 251 (execução 1) · mais baixo 251 (execução 1)

common_essential por execução
Execuçãocommon_essential
1251
pk5bn porordem de execução · 1 execução

Mais alto 22 (execução 1) · mais baixo 22 (execução 1)

n por execução
Execuçãon
122
tcga2err_rows_final porordem de execução · 1 execução

Mais alto 3 (execução 1) · mais baixo 3 (execução 1)

err_rows_final por execução
Execuçãoerr_rows_final
13
stabilityboot_ci_excl0 porordem de execução · 1 execução

Mais alto 20 (execução 1) · mais baixo 20 (execução 1)

boot_ci_excl0 por execução
Execuçãoboot_ci_excl0
120
pk6n porordem de execução · 1 execução

Mais alto 22 (execução 1) · mais baixo 22 (execução 1)

n por execução
Execuçãon
122
rnaipairs porordem de execução · 1 execução

Mais alto 22 (execução 1) · mais baixo 22 (execução 1)

pairs por execução
Execuçãopairs
122
23 de 23 execuções
ExecuçãoParâmetrosSementeStatusMétricasMáquinaDuração

Synthetic-lethality scan · reduce

Execução1

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Sucesso
tests
106.711
anchors
6
reports
24
controls
7
hits_kept
97
pairs_fdr
23
pairs_reused
0
anchors_reused
0
+6 mais
1 vCPU · 4 GB2 min 12 s

show controls

Execução2

—1000Sucesso
n_hits
97
n_final
24
n_controls
7
1 vCPU · 1 GB1 s

Synthetic-lethality scan · reduce

Execução2

fdr
0,1
mode
scan
shards
8
min_effect
-0,2
max_reports
120
failedShards
0
permutations
20
succeededShards
8
1Sucesso
tests
12.165.001
anchors
684
reports
122
controls
7
hits_kept
7.681
pairs_fdr
2.369
pairs_reused
9
anchors_reused
6
+8 mais
1 vCPU · 6 GB3 min 58 s

list candidates

Execução1

—1000Sucesso
n_final
122
n_review
38
n_target
11
1 vCPU · 1 GB1 s

genecols

Execução1

—1Sucesso
ncol
56
nrow
45.019
1 vCPU · 4 GB1 s

anchors_v2

Execução2

del_thr
0,3
max_frac
0,3
min_lines
5
6Sucesso
cn_p1
0,4512
cn_p5
0,6062
del_thr
0,3
max_frac
0,3
cn_median
1,025
n_anchors
6.350
n_subtype
40
n_mutation
5.968
+11 mais
1 vCPU · 4 GB16 min 42 s

confounder audit

Execução2

nperm
200
7Sucesso
anchors
674
audited
7.681
hits_in
7.681
survive
1.902
flag_adj_weak
5.092
flag_neighbor
129
share_survive
0,2476
anchors_resolved
674
+3 mais
1 vCPU · 4 GB17 min 60 s

expr_loss_v2

Execução1

kit_inputs
["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]
11Sucesso
p_cut
0,0001
tests
55.357.302
models
1.292
n_perm
20
anchors
3.003
beta_cut
-0,2
max_frac
0,3
obs_hits
22.276
+15 mais
4 vCPU · 12 GB23 min 4 s

drug replication v3

Execução1

—1Sucesso
pairs_in
86
rows_gdsc
34
prism_rows
1.254.787
rows_prism
104
gdsc_mapped
241.578
tested_rows
113
novel_pairs_in
49
replicated_both
1
+2 mais
1 vCPU · 4 GB3 min 34 s

sumd

Execução1

—1000Sucesso
both
1
rows
113
gdsc_sig
11
prism_sig
3
novel_rows
35
novel_sig_any
4
both_rows_with_both_data
25
novel_genes_with_compound
5
1 vCPU · 4 GB1 s

novelty review

Execução1

—1Sucesso
n_known
3
n_novel
37
pairs_in
49
pairs_out
49
string_nan
0
epmc_errors
0
n_uncertain
9
1 vCPU · 4 GB1 min 37 s

rb

Execução1

—2Sucesso
new_unique
8.371
controls_rows
9
new_n_low_ge8
5.243
new_paralog_nokit
46
1 vCPU · 4 GB2 s

rd

Execução1

—1000Sucesso
rows
49
novel_string_ge_0.4
0
1 vCPU · 4 GB1 s

replication holdout

Execução3

—1Sucesso
ok
49
too_few
0
novel_in
37
pairs_in
49
pairs_out
49
unresolved
0
holdout_pass
26
final_candidates
0
+2 mais
1 vCPU · 4 GB2 min 9 s

final merge

Execução1

—1000Sucesso
rows
49
holdout_pass
26
final_candidates
12
novel_holdout_pass
20
with_drug_data_among_final
1
1 vCPU · 4 GB1 s

rd3

Execução1

—1000Sucesso
rows
12
1 vCPU · 4 GB1 s

safety2

Execução1

loeuf
0,35
gtex_tpm
200
1Sucesso
seconds
21,69
pairs_out
1.902
constrained
148
novel_pairs
22
sm_tractable
15
survivors_in
1.902
unique_genes
792
gtex_high_any
114
+10 mais
1 vCPU · 4 GB26 s

pk5b

Execução1

—1000Sucesso
n
22
1 vCPU · 1 GB1 s

tcga2

Execução1

—2Sucesso
rows
416
studies
32
err_rows_final
3
1 vCPU · 4 GB33 s

stability

Execução3

—11Sucesso
models
1.361
n_boot
1.000
tier_A
2
tier_B
10
tier_C
10
pairs_in
22
pairs_out
22
boot_ci_excl0
20
1 vCPU · 4 GB39 s

rd

Execução2

—1Sucesso
pairs
12
err_rows
3
1 vCPU · 4 GB1 s

pk6

Execução1

—1000Sucesso
n
22
1 vCPU · 4 GB1 s

rnai

Execução2

—2Sucesso
pairs
22
tested
2
replicated
1
rnai_genes
17.309
rnai_lines
701
sign_agree
2
1 vCPU · 4 GB28 s

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