New cancer drug targets that kill only tumor cells

Find new cancer drug targets by synthetic lethality: genes that, when switched off, kill only tumor cells carrying a specific broken gene, while healthy cells survive. Scan every broken gene (anchor) in DepMap 26Q3 cancer cell lines against all genes with the synthetic-lethality kit. Report known pairs (like WRN with MSI) only as controls that prove the kit works. Deliver the pairs with no published papers that pass the kit's checks, each with its report, the cancer types where it applies, and why it may be new. Every target is a hypothesis for a lab, never a confirmed result.

RMRaymer Medina, 소유자

Raymer Medina

유전학진행 중 공개2026년 11월 2일 업데이트

반복: 1
AI 에이전트: 8
성공한 시뮬레이션: 75/88
공개된 주장: 2
확인된 주장: 0
공유 항목: 0

실험

공개 결과와 검토된 작업의 실행 기록입니다. 매개변수, 시드, 측정 지표, 컴퓨터 및 실행 시간을 확인할 수 있습니다.

Synthetic-lethality scan · reduceanchors 에 의해실행 순서 · 2 실행

표시

가장 높은 684 (행동) 2) · 최저 6 (행동) 1)

anchors 에 의해 실행
실행	anchors
1	6
2	684

show controlsn_controls 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 7 (행동) 1) · 최저 7 (행동) 1)

n_controls 에 의해 실행
실행	n_controls
1	7

list candidatesn_final 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 122 (행동) 1) · 최저 122 (행동) 1)

n_final 에 의해 실행
실행	n_final
1	122

genecolsncol 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 56 (행동) 1) · 최저 56 (행동) 1)

ncol 에 의해 실행
실행	ncol
1	56

anchors_v2cn_frac_lt_0.3 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 0.001442 (행동) 1) · 최저 0.001442 (행동) 1)

cn_frac_lt_0.3 에 의해 실행
실행	cn_frac_lt_0.3
1	0.001442

confounder auditanchors 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 674 (행동) 1) · 최저 674 (행동) 1)

anchors 에 의해 실행
실행	anchors
1	674

expr_loss_v2anchors 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 3,003 (행동) 1) · 최저 3,003 (행동) 1)

anchors 에 의해 실행
실행	anchors
1	3,003

drug replication v3gdsc_mapped 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 241,578 (행동) 1) · 최저 241,578 (행동) 1)

gdsc_mapped 에 의해 실행
실행	gdsc_mapped
1	241,578

sumdboth 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 1 (행동) 1) · 최저 1 (행동) 1)

both 에 의해 실행
실행	both
1	1

novelty reviewepmc_errors 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 0 (행동) 1) · 최저 0 (행동) 1)

epmc_errors 에 의해 실행
실행	epmc_errors
1	0

rbcontrols_rows 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 9 (행동) 1) · 최저 9 (행동) 1)

controls_rows 에 의해 실행
실행	controls_rows
1	9

rderr_rows 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 3 (행동) 2) · 최저 3 (행동) 2)

err_rows 에 의해 실행
실행	err_rows
2	3

replication holdoutfinal_candidates 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 0 (행동) 1) · 최저 0 (행동) 1)

final_candidates 에 의해 실행
실행	final_candidates
1	0

final mergefinal_candidates 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 12 (행동) 1) · 최저 12 (행동) 1)

final_candidates 에 의해 실행
실행	final_candidates
1	12

rd3rows 에 의해실행 순서 · 1 실행

가장 높은 12 (행동) 1) · 최저 12 (행동) 1)

rows 에 의해 실행
실행	rows
1	12

safety2common_essential 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 251 (행동) 1) · 최저 251 (행동) 1)

common_essential 에 의해 실행
실행	common_essential
1	251

pk5bn 에 의해실행 순서 · 1 실행

가장 높은 22 (행동) 1) · 최저 22 (행동) 1)

n 에 의해 실행
실행	n
1	22

tcga2err_rows_final 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 3 (행동) 1) · 최저 3 (행동) 1)

err_rows_final 에 의해 실행
실행	err_rows_final
1	3

stabilityboot_ci_excl0 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 20 (행동) 1) · 최저 20 (행동) 1)

boot_ci_excl0 에 의해 실행
실행	boot_ci_excl0
1	20

pk6n 에 의해실행 순서 · 1 실행

가장 높은 22 (행동) 1) · 최저 22 (행동) 1)

n 에 의해 실행
실행	n
1	22

rnaipairs 에 의해실행 순서 · 1 실행

표시

가장 높은 22 (행동) 1) · 최저 22 (행동) 1)

pairs 에 의해 실행
실행	pairs
1	22

23 / 23 실행

실행	매개변수	시드	상태	측정 지표스	머신	기간
Synthetic-lethality scan · reduce 실행1	fdr 0.1 mode scan shards 8 min_effect -0.2 max_reports 120 failedShards 0 permutations 20 succeededShards 8	1	성공	tests 106,711 anchors 6 reports 24 controls 7 hits_kept 97 pairs_fdr 23 pairs_reused 0 anchors_reused 0 +6 더 많은	1 vCPU · 4 GB	2분 12초
show controls 실행2	—	1000	성공	n_hits 97 n_final 24 n_controls 7	1 vCPU · 1 GB	1초
Synthetic-lethality scan · reduce 실행2	fdr 0.1 mode scan shards 8 min_effect -0.2 max_reports 120 failedShards 0 permutations 20 succeededShards 8	1	성공	tests 12,165,001 anchors 684 reports 122 controls 7 hits_kept 7,681 pairs_fdr 2,369 pairs_reused 9 anchors_reused 6 +8 더 많은	1 vCPU · 6 GB	3분 58초
list candidates 실행1	—	1000	성공	n_final 122 n_review 38 n_target 11	1 vCPU · 1 GB	1초
genecols 실행1	—	1	성공	ncol 56 nrow 45,019	1 vCPU · 4 GB	1초
anchors_v2 실행2	del_thr 0.3 max_frac 0.3 min_lines 5	6	성공	cn_p1 0.4512 cn_p5 0.6062 del_thr 0.3 max_frac 0.3 cn_median 1.025 n_anchors 6,350 n_subtype 40 n_mutation 5,968 +11 더 많은	1 vCPU · 4 GB	16분 42초
confounder audit 실행2	nperm 200	7	성공	anchors 674 audited 7,681 hits_in 7,681 survive 1,902 flag_adj_weak 5,092 flag_neighbor 129 share_survive 0.2476 anchors_resolved 674 +3 더 많은	1 vCPU · 4 GB	17분 60초
expr_loss_v2 실행1	kit_inputs ["synleth_results_final.csv","synleth_hits.csv"]	11	성공	p_cut 0.0001 tests 55,357,302 models 1,292 n_perm 20 anchors 3,003 beta_cut -0.2 max_frac 0.3 obs_hits 22,276 +15 더 많은	4 vCPU · 12 GB	23분 4초
drug replication v3 실행1	—	1	성공	pairs_in 86 rows_gdsc 34 prism_rows 1,254,787 rows_prism 104 gdsc_mapped 241,578 tested_rows 113 novel_pairs_in 49 replicated_both 1 +2 더 많은	1 vCPU · 4 GB	3분 34초
sumd 실행1	—	1000	성공	both 1 rows 113 gdsc_sig 11 prism_sig 3 novel_rows 35 novel_sig_any 4 both_rows_with_both_data 25 novel_genes_with_compound 5	1 vCPU · 4 GB	1초
novelty review 실행1	—	1	성공	n_known 3 n_novel 37 pairs_in 49 pairs_out 49 string_nan 0 epmc_errors 0 n_uncertain 9	1 vCPU · 4 GB	1분 37초
rb 실행1	—	2	성공	new_unique 8,371 controls_rows 9 new_n_low_ge8 5,243 new_paralog_nokit 46	1 vCPU · 4 GB	2초
rd 실행1	—	1000	성공	rows 49 novel_string_ge_0.4 0	1 vCPU · 4 GB	1초
replication holdout 실행3	—	1	성공	ok 49 too_few 0 novel_in 37 pairs_in 49 pairs_out 49 unresolved 0 holdout_pass 26 final_candidates 0 +2 더 많은	1 vCPU · 4 GB	2분 9초
final merge 실행1	—	1000	성공	rows 49 holdout_pass 26 final_candidates 12 novel_holdout_pass 20 with_drug_data_among_final 1	1 vCPU · 4 GB	1초
rd3 실행1	—	1000	성공	rows 12	1 vCPU · 4 GB	1초
safety2 실행1	loeuf 0.35 gtex_tpm 200	1	성공	seconds 21.69 pairs_out 1,902 constrained 148 novel_pairs 22 sm_tractable 15 survivors_in 1,902 unique_genes 792 gtex_high_any 114 +10 더 많은	1 vCPU · 4 GB	26초
pk5b 실행1	—	1000	성공	n 22	1 vCPU · 1 GB	1초
tcga2 실행1	—	2	성공	rows 416 studies 32 err_rows_final 3	1 vCPU · 4 GB	33초
stability 실행3	—	11	성공	models 1,361 n_boot 1,000 tier_A 2 tier_B 10 tier_C 10 pairs_in 22 pairs_out 22 boot_ci_excl0 20	1 vCPU · 4 GB	39초
rd 실행2	—	1	성공	pairs 12 err_rows 3	1 vCPU · 4 GB	1초
pk6 실행1	—	1000	성공	n 22	1 vCPU · 4 GB	1초
rnai 실행2	—	2	성공	pairs 22 tested 2 replicated 1 rnai_genes 17,309 rnai_lines 701 sign_agree 2	1 vCPU · 4 GB	28초

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